Um die Chilis haltbar zu machen, bieten sich viele Möglichkeiten an. Eine davon ist das Trocknen. Zum Trockenen werden die Schoten auf einem Bindfaden aufgehängt, damit sie keine Druckstellen bekommen. Der Trockenvorgang dauert je nach Sorte etwa 3 bis 6 Wochen. Danach können die getrockneten Schoten in beliebigen, möglichst luftdichten Gefäßen aufbewahrt werden. Speziell dickwandige Schoten lassen sich nur im Backofen oder in Trockenöfen trocknen. Dazu heizt man den Backofen auf ca.50º Celsius auf. Die Schoten werden ein paar Stunden in den Backofen gelegt. Solange bis der Großteil der Flüssigkeit entwichen ist. Der Backofen braucht dabei nicht permanent geheizt zu werden. Es reicht aus, wenn alle 30 bis 45 Minuten nachgeheizt wird.

Die getrockneten Schoten können dann zur Weiterverarbeitung einfach in einer Kaffeemühle oder speziell erhältlichen Chili-Mühlen zerkleinert werden. So lassen sich Gerichte leicht mit dem richtigen Aroma versetzen. Dabei ist darauf zu achten, daß man den Staub nicht einatmet. Man kann die Schoten auch wieder wässern und dann im Prinzip wie frische weiterverarbeiten. Die Schärfe bleibt dabei erhalten.

Es gibt verschiedene Möglichkeiten die Chilis einzulegen. Die Bekanntesten sind sicherlich das Einlegen in Essig oder Öl. Bei beiden lohnt es sich, ein paar Mark mehr anzulegen, denn der Geschmack des Öls oder des Essigs gehen natürlich in die Chilis über. Daher kann man auch Gewürze mit einlegen, um den Chilis ein besonderes Aroma zu geben. Auf der anderen Seite würzen natürlich auch die Chilis den Essig oder das Öl, welches nach dem Einlegen noch weiter in der Küche verwendet werden kann.

Durch den Essig wird die Bildung von Bakterien oder Schimmel verhindert. Daher sollte man bei den einzulegenden Chilis darauf achten, daß sie nicht angewelkt oder von Schimmel befallen sind. Zum Einlegen sollte man Branntweinessig mit einem Säuregehalt von 4 - 5% verwenden. Obstessig entfärbt hingegen die Chilis.

Bevor die Chilis eingekocht werden, sollte man sie eine Nacht vorher in einer Salzlake einlegen, um sie etwas zu entschärfen und damit sie den Essig besser aufnehmen können. Zum Konservieren wird der Essig aufgekocht und je nach Geschmack mit Einkochgewürzen versetzt (z.B. Senfkörner, Lorbeerblätter etc.). Die Chilis werden nun in vorbereitete Einmachgläser gelegt und dann mit dem Essig, der nicht mehr kocht, übergossen. Dabei ist darauf zu achten, daß die Chilis vollständig mit dem Sud bedeckt sind. Je heißer der Essig ist, desto weicher werden die Chilis. Danach werden die Gläser luftdicht verschlossen und können dann kühl und dunkel gelagert werden. Vor dem Verzehr sollten die Chilis 2-4 Wochen durchziehen.

Eine andere Variante Chilis einzulegen ist Öl. Hierbei entfällt natürlich das Abkochen. Aber auch hier sollten die Chilis vollständig mit dem Öl bedeckt werden. Nach einigen Tagen sollte man noch mal den "Ölstand" kontrollieren und ggf. Öl auffüllen. Hierbei ist auf größte Sauberkeit und gute Kühlung zu achten, damit es nicht zu ungesunder Bakterienbildung kommt.

Bei beiden Varianten kann man zusätzlich Schafskäse verwenden. Man kann z.B. die Chilis mit Schafskäse füllen und dann einlegen.

Eine etwas gewöhnungsbedürftige Variante ist das Einlegen in Alkohol. Der Alkoholgehalt sollte mindestens 38% betragen. Zum Einlegen eignet sich Rum, Wodka oder Weizenkorn. Man kann die Chilis in einem Einmachglas mit Alkohol übergießen und gut verschließen oder etwa 2-3 scharfe Schoten (z.B. Cayenne) direkt in eine Flasche geben. Das so entstandene Getränk ist wirklich etwas für Kenner, kann bei sensiblen Gästen aber auch als "Rausschmeißer" verwendet werden.